如果說魔法人力派遣公司是描述魔法師之間的戰鬥的話, 那麼魔法禁書目錄便是描述超能力者與魔法師之間的戰鬥了.
魔法禁書目錄中文版暫出了三本, 故事舞台是一個專門以科學方法培育超能力者的學園都市. 一名被評為零等級能力者的少年 - 上條當麻 在趕往暑假補習班時遇上了一位身穿修女打扮的少女. 少女自稱茵蒂克絲, 在逃避邪惡魔法師的情況下來到學園都市. 當麻起先不相信, 可是當他以他的超能力 - 幻想殺手 (能將被他右手所觸摸的異常能力歸還於無) 破壞了茵蒂克絲的保護法衣 - 移動教會 (她身穿的修女裝, 自稱能抵擋強力的魔法). 而且更有要捉走茵蒂克絲的魔法師的出現, 才教他相信有魔法的世界. 為了要保護因法衣被破壞而抵擋不了魔法師的攻擊而受重傷的茵蒂克絲, 當麻與魔法師對戰起來. 從而得知茵蒂克絲的命運及與魔法師之間的關係.
茵蒂克絲屬於英國清教之中的[必要惡之教會], 擁有完全記憶能力. 因為記憶了十萬三千本魔法書在腦中, 教會怕她會背叛. 在她身上施加了一年內不回教會消除部分記憶便活不去的魔法. 更對她的好友們說謊. 因此昔日的朋友因記憶被消除, 變作了陌生人. 而且因受命要帶她回去, 誤會之下更變成了敵人. 當麻拆穿了謊言之後, 立時想用自己的能力來解開加予她身上的魔法. 可是另外加在茵蒂克絲身上的防禦魔法也起了作用. 最後當麻雖然能成功把魔法除去, 可是也身受重傷. 而且因腦部受過大損傷, 很多的記憶失去了.
第二本的內容是 : 失憶了的當麻為了不讓茵蒂克絲傷心, 扮作還記得與她之間的相遇及受傷之前的事. 而茵蒂克絲因不想與當麻分開, 暫時留在學園都市. 一天, 茵蒂克絲的前伙伴 - 史提爾- 馬格努斯受教會之命令來到學園都市, 要救出被禁錮在都市內, 擁有吸血殺手之稱的姬神秋紗. 他與學園都市的負責人見面後, 得到了許可及可以找當麻作幫手對付佔據了學園內的三澤塾及禁錮了秋紗的錬金術師 - 奧雷歐斯-伊薩德. 不幸的當麻只好瞞著茵蒂克絲與史提爾出發. 可是在過程中, 發現奧雷歐斯也是茵蒂克絲的前伙伴, 他會這樣做是有原因的........
